Las causas que ocasionen la conjuntivitis influirán en su tratamiento. Para empezar, deben limpiarse los ojos, quitando las secreciones con un paño limpio, agua hervida tibia o suero fisiológico estéril. También suelen ser útiles las compresas frías y los analgésicos. El tratamiento puede ser la administración de colirio, pomada o gel antibiótico. Para mejorar la conjuntivitis alérgica o vírica, sin embargo, lo más efectivo es el uso de gotas oftálmicas con corticosteroides, que nunca deberán utilizarse en el caso de que la infección se haya producido por herpes, ya que los corticosteroides empeoran la infección.
El tratamiento suele durar una semana: las gotas se administran entre cuatro y seis veces diarias y la pomada o el gel entre dos y tres veces al día. El gel utiliza menos veces en comparación con el colirio y no nubla la vista (lo que sí ocurre con la pomada).